复旦大学医院管理研究所是从2010年开始发布这张榜单的，每年都列出全国100家知名三甲医院。但在2011年度中国最佳医院排行榜榜单上，半数都被来自“北上广”的医院牢牢“占领”，25家在北京，是入榜医院数量最多的地区，19家在上海，10家在广东省，6家在浙江，6家在重庆。而江苏有4家医院上榜，分别为省人民医院、鼓楼医院、苏州大学附属第一医院、南京军区南京总医院。但和去年相比，排名有所浮动，江苏省人民医院和鼓楼医院的排名都比去年上升了一位，但苏州大学附属第一医院和南京军区南京总医院的名次有所下滑，其中军区总院下降了21名。

　　同时，榜单还评出了28个最佳专科，南京军区南京总医院肾脏病科和鼓楼医院风湿免疫科依然在专科的榜单中维持了领跑的态势，同时进入榜单的还有军区总院的病理科、普通外科，南京医科大学附属脑科医院的精神医学专科。而省肿瘤医院也首度进入了肿瘤专科的全国前十强。