由于新鲜的金针菇中含有秋水仙碱，人食用后，轻易因氧化而发生有毒的二秋水仙碱，它对胃肠黏膜和呼吸道黏膜有强烈的刺激作用。一般在食用30分钟至4小时内，会涌现咽干、恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状;大量食用后，还可能引起发热、水电解质平衡杂乱、便血、尿血等严重症状。

秋水仙碱易溶于水，充分加热后可以被破坏，所以，食用鲜金针菇前，应在冷水中浸泡2小时;烹饪时把要金针菇煮软煮熟，使秋水仙碱遇热分解;凉拌时，除了用冷水浸泡，还要用沸水焯一下，让它熟透。另外，市场上出售的干金针菇或金针菇罐头，其中的秋水仙碱已被破坏，可以放心食用。