在程莘农60多年从事中医内、妇、针灸医疗活动中,积累了丰富的教学、临床、科研经验;对中医温热病舌诊有较深的研究,在针灸基础理论研究、针灸选穴、针刺手法等方面都有独到的见解。他数十年如一日,勤于临证,钻研古籍,博采众长,主张实践与理论并重,对《内经》、《难经》等古代中医典籍有所研究,写出“难经语释”、“难经概述”等文章。主编了《简明针灸学》、《中国针灸学》(中、英文本)、《针灸精义》(印度印行,英文版)、《针灸疗法》等十几种论著。在针灸临证时他重视辨证论治,贯彻理、法、方、穴、术的统一性,针刺手法高超独特,认为用药用穴都是在中医学基础理论指导下进行的,穴位和中药的作用常有异曲同工之妙。
在学术观点上,以《灵》《素》《难经》为主,反对玄学,提倡务实创新,对针刺“三才法”的改进颇有新见。
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