在明初之时,丹溪之学盛行,医家多重视寒凉降火,克伐生气,产生流弊。针对这种情况,薛氏根据前人的经验及自己的潜心研究,自立一家之言。薛己的学术思想受张元素、李杲、钱乙等人影响很大,他以张元素的脏腑辨证学说为其理论基础,又以李东垣脾胃论为核心,融东垣脾胃之说及王冰、钱乙肾命水火之说于一炉,非常重视脾胃、肾命先后二天的辨证。他主张人以脾胃为本,谓“真精合而人生,是人亦借脾土而生”,其临证多用甘温益中、补土培元之法,用药则倡导温补,但也不完全排斥寒凉。《四库全书总目提要》曰:“己治病,务求本原,用八味、六味丸直补真阴真阳,以滋化源,实自己为发直。其治病多用古方,而出入加减,具有至理,多在一两味间见神妙变化之巧。”
薛己的学术观点在当时并未受到同行的重视,然而对后世影响较大,在明代温补学派的产生与形成的过程中起到不可替代的作用。他与明末赵献可、张景岳同称为明代温补三大家。
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