20世纪30年代他先后任陕西红十字会附设女子职业学校校长、河南国民二军胡景翼部医官、陕西省天文馆馆长、陕西省国学讲习馆副馆长等。他“壮岁虽有志学问”,但“迫于生计,作工养亲”,直到“四旬以后克专心致力学业”,撰写了《伤寒杂病论集注》 (1923)、 《针灸经穴图考》 (1924)、 《医圣张仲景传》 (1924)等医著,还写了《五纪衍义》 《佛学考辨》 《修历刍言》等著作。1929年他对南京国民政府歧视并妄图消灭中医的倒行逆施深恶痛绝,积极参加抗争工作。在全国中医药界一致抗议的压力下,南京国民政府不得不取消其废止中医的决定,并成立了中央国医馆。1933年他被聘为中央国医馆理事兼编审委员,参加了统一病名等审查工作。1937年他被聘任为卫生署中医委员会委员。
1935—1937年在中央国医馆和卫生署中医委员会的几次会议上,黄竹斋先后提出发展中医教育事业等深有见地的议案。这些提案当时虽未能实现,但却反映了他主张突出中医特色,吸取现代科学成就,主张中西医团结合作等学术思想。在此期间,他出版或再版了《医圣张仲景传》, 伤寒杂病论集注》及《针灸经穴图考》等书。发行后受到高度赞誉。1935年春,黄竹斋将罗哲初保存之仲景十二稿《伤寒杂病论》 (桂林古本)及白云阁藏本《难经》亲手各抄一遍研读。他对这些新发现的版本非常重视。南京为日军侵占后,带抄本返陕,获爱国将领张钫资助,于1939年以木刻版印行公世。
1937年夏,他应针灸学家承澹盦邀请,去无锡中国针灸专门学校讲学,并将白云阁藏本《难经》刊登于该校《针灸杂志》上,因抗战爆发,只登三期中辍。黄竹斋基于爱国之情,又在中医委员会的会议上提出设立中医伤科医院、举办中医伤科训练班、分赴战区参加战场救护工作等提案。1938—1939年他还为筹办西安中医救济医院和陕西特效中药制药厂四处奔走。1943年曾被推举为西京中医专科学校校长。但这些事业都因得不到当时政府支持而夭折。
1940年后黄竹斋因不满当时政治之黑暗,愤然归隐于长安樊川,从事著述及诊疗。1945年他撰成《周易会通》《老子道德经会通》《白云阁藏本难经会通》 ,修订《孙真人传》 。尤其值得称道的是,他根据桂林古本《伤寒杂病论》撰成《伤寒杂病论会通》18卷,凡70万言,购旧石印机自印,于1948年行世。
中华人民共和国成立后,黄竹斋热烈响应党的号召,积极参加人民卫生工作,被选为长安县人民代表,陕西省政协委员。1954年被聘任为西安医学院附属医院中医科主任。1955年奉调赴京,受聘为卫生部中医研究院附属医院针灸科主任,后并任该院学术委员会委员。他年近古稀,仍十分勤奋。一生著述多达50余种,涉及中医药理论、临床各科和医史文献,以及哲学、天文、数学等领域,其中以《伤寒论》研究造诣尤深。他对工作一贯积极负责,治学严谨,为人正直,生活俭朴,受到大家尊敬,曾被评为先进工作者,并出席了全国文教先进工作者代表大会。黄竹斋关心体贴患者,辨证施治精当,善于针药并用,一生救治了许多疑难重危病人,对中风、偏瘫之疾尤为擅长,博得国内外患者的爱戴和赞誉。 《中医杂志》和《光明日报》均报道过他的事迹。他治愈国际友人半身不遂的消息,在前民主德国报刊上登载并受称赞。
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