意见提出，要坚持以改革促发展，加强以人才、技术、重点专科为核心的能力建设，统筹县域医疗卫生体系发展，力争使县域内就诊率提高到90％左右，基本实现大病不出县。

意见提出，2012年选择300个左右的县推进县级医院综合改革，力争2013年上半年总结评估，形成基本路子，为2015年实现县级医院阶段性改革目标打好基础。

意见将破除“以药补医”机制作为县级公立医院综合改革试点的关键环节。在改革补偿机制方面，鼓励探索医药分开的多种形式，取消药品加成政策，将对试点县级医院的补偿由服务收费、药品加成收费和政府补助三个渠道改为服务收费和政府补助两个渠道。医院由此减少的合理收入，通过调整医疗技术服务价格和增加政府投入等途径予以补偿。