裘法祖学识渊博,医术精湛,尤其擅长腹部及基本外科,对外科其他分支:脑外科、泌尿外科、矫形外科等同样造诣精深,对我院外科系各专业的创建和发展付出了诸多的心力;是推动我国腹部及基本外科的专家。他主持创建了我国最早的器官移植机构----同济医科大学器官移植研究所,是我国器官移植事业的开拓者和奠基人之一。同时他又是我国晚期血吸虫病外科治疗的开创者。1960年在首创胃底环扎术和胃底横断的基础上,于1972年又创造了独具风格的贲门周围血管离断术,成为治疗晚期血吸虫病肝硬化致门静脉高压症、食管静脉曲张大出血的一种崭新的断流型手术,在国内广为应用。新术式改进不下20余种。由他提出并亲自主持或指导的大型外科科研专题:胆总管十二指肠吻合术、肝门解剖与肝切除术、肝移植等在国内部开展较早。
裘法祖改进的手术操作不亚20多种。突出的有:局部麻醉下甲状腺大部切除术、胃大部切除术、门静脉高压症的外科治疗等。近10年来,致力于胆道流体力学与胆结石成因的研究。在他的具体领导下,自体外牛胆汁中研制培育出“体外培育牛黄”,已被批准为国家一类新药并开始生产。
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